¿Cuánto se tarda en segmentar una imagen médica con herramientas manuales? Si has usado 3D Slicer sabes lo que cuesta hacer una buena segmentación.
Por eso te voy a enseñar a utilizar Total Segmentator, una extensión para 3D Slicer que permite realizar segmentación automática de hasta 117 estructuras mediante inteligencia artificial.
¡Segmentar automáticamente en minutos!
El tutorial completo para instalar y usar Total Segmentator
Si prefieres ver el contenido en formato vídeo, te dejo el tutorial completo que hemos grabado para Youtube:
Instalación de Total Segmentator
El proceso de instalación es muy sencillo, y se hace usando el gestor de extensiones de Slicer.
Para instalar Total Segmentator, accede “Extension Manager” dentro de 3D Slicer. Desde aquí, busca Total Segmentator y procede con la instalación. Una vez instalada, encontrarás la extensión en la lista de módulos, bajo los desplegables o mediante la función de búsqueda.
Segmentación automática con Inteligencia Artificial
Total Segmentator ofrece 2 opciones para seleccionar un volumen específico y el tipo de segmentación deseada.
- Modo rápido, que tarda aproximadamente un minuto pero obtiene sólo un borrador de la imagen a baja resolución. Es la mejor opción si no dispones de tarjeta gráfica o un ordenador muy potente.
- Modo normal o lento, que ofrece imágenes de mayor definición pero puede tardar hasta una hora si solo se utiliza la CPU, o menos si se dispone de una GPU de Nvidia compatible.
Para demostrar su funcionamiento, he cargado una imagen predeterminada de Slicer, específicamente el “CTA abdomen panoramix”. Esta imagen se descarga y carga automáticamente, permitiéndome realizar pruebas de segmentación. A continuación, abro Total Segmentator, selecciono la imagen y opto por una segmentación total en modo rápido para mostrar cómo funciona en un equipo no muy potente.
Ventajas y Desventajas del programa
La principal ventaja de Total Segmentator es su capacidad para segmentar estructuras complejas automáticamente, lo cual es particularmente útil para órganos blandos y, por ejemplo, el cartílago entre el esternón y las costillas.
Sin embargo, puede presentar mensajes de error durante la instalación o requerir ajustes adicionales. La etapa más complicada es la instalación, que a veces necesita librerías especiales de Python como PyTorch.
Conclusión
Total Segmentator es una herramienta muy potente para la segmentación automática mediante inteligencia artificial. Supera uno de los problemas más grandes que tenemos en segmentación, que es el tiempo que se tarda en hacer una segmentación manual de la imagen.
Te animo a probarlo y realizar tus primeras segmentaciones automáticas con inteligencia artificial.
